Наш телефон в 3 раза круче ноутбука, но к сожалению ограничение в 4GB никуда не делись,

и так

ffmpeg -i video9GB40minut.mp4 -f mp4 -vcodec copy -acodec copy -ss 0:00:00 -t 0:15:00 /home/user/1.mp4

ffmpeg -i video9GB40minut.mp4 -f mp4 -vcodec copy -acodec copy -ss 0:15:00 -t 0:15:00 /home/user/2.mp4

ffmpeg -i video9GB40minut.mp4 -f mp4 -vcodec copy -acodec copy -ss 0:30:00 -t 0:15:00 /home/user/3.mp4

очень быстро, как для таких размеров.