вот здесь нашел вариант получения сертификата

$ git clone https://github.com/letsencrypt/letsencrypt

$ cd letsencrypt

$ ./letsencrypt-auto —help

$ ./letsencrypt-auto certonly —standalone -d mydomain.com

дальше создаете проверочный файл с двумя категориями

cd /public_html
printf «%s» ваш код > .well-known/acme-challenge/ваш файл

нажимаете Энтер и все забираете файлы

и вот собственно куда их раскидывать

letsencrypt скрипт создает файлы сертификатов и так, что? и куда? раскидать в ispconfig 3

• SSL Key is privkey.pem
• SSL Request does not exist and is not needed (CSR)
• SSL Certificate is cert.pem
• SSL Bundle is chain.pem