/etc/mysql/mysql.cfg

Добавляем в конце — это реально ускорит на 70% от дефолтного значения ваш сервер

# InnoDb
innodb_file_per_table
#
innodb_buffer_pool_size = 1G
innodb_additional_mem_pool_size = 16M
#
innodb_log_files_in_group = 2
innodb_log_file_size = 128M
innodb_log_buffer_size = 8M
innodb_lock_wait_timeout = 120
#
innodb_thread_concurrency = 2
#
transaction-isolation = READ-COMMITTED
innodb_flush_method = O_DIRECT
innodb_flush_log_at_trx_commit = 2